در سال ۱۳۷۹ با توجه به سیاست‌ها و برنامه‌های وزارت نفت، مبنی بر ایجاد تغییر و تحول در نحوه اداره فعالیت‌ها، ساختار سازمانی شرکت ملی نفت ایران مورد بازنگری قرار گرفت و سازمان اداری شرکت مناطق نفتخیز جنوب به دو شاخه اصلی شامل ستاد مرکزی و مدیریت‌ها و ۹ شرکت تابعه تفکیک گردید، که شامل ۵ شرکت بهره‌بردار: شرکت نفت و گاز کارون، مارون، گچساران، آغاجاری و مسجدسلیمان، ۲ شرکت فنی مهندسی: شرکت توربین جنوب و شرکت پیراحفاری ایران و ۲ شرکت خدماتی: شرکت ترابری و پشتیبانی نفت و شرکت خدمات رفاهی نفت می‌باشند. شرکت ملی مناطق نفتخیز جنوب هم‌اکنون با در اختیار داشتن ۶۵ میدان هیدروکربوری بزرگ و کوچک، در گستره‌ای افزون بر ۴۰۰ هزار کیلومتر مربع در استان‌های خوزستان، بوشهر، کهگیلویه و بویراحمد، ایلام و لرستان، به‌طور میانگین معادل ۸۳٪ از نفت خام و ۱۶٪ از گاز طبیعی کشور را تولید می‌کند